申請系統業於108年11月21日上線，申請路徑為：本部學術研發服務網>所有申辦作業>獎勵補助>科技部年度十大科學研究破壞性創新論文推薦，請於108年12月12日前以同一系統兩管道方式，將機構推薦併同學門推薦之案件，至線上製作申請文件後送出，文件不全或不符合規定者，不予受理。